В смысле оптимизацию?
Вы вообще представляете себе ситуацию когда данные на дискке хранятся в правильной последовательности ВСЕГДА, вне зависимости от того кому и зачем они понадобились?
Я - нет, не представляю.
А там где эти данные отсортированы и готовы к использованию для какой либо задачи, эти данные предварительно упорядочиваются и структурируются.
И делается это для какой-то определённой цели, заранее известной и чётко обозначенной.
Вы же ждёте что огромная система с кучей всякого легаси и весом в несколько десятков гигов шустро работала с диска который в лучшем случае может обеспечить сотни операций в секунду с 4K блоками.
Время доступа - фундаментальный недостаток HDD, хуже них только устройства с последовательной записью/чтением, Хотя и HDD отчасти такими являются.
Кстати, оптимизации, о которых вы говорите, делались и делаются по сей день - называется этот процесс "дефрагментация диска".
Да и оптимизация ресурсов и данных производится повсеместно, в первую очередь за счёт использования различных алгоритмов сжатия и активного использования кэша.