F@H вказує на ключові питання у боротьбі з раком
Моделирование динамики белков для нахождения привязки компетентных структур
Vincent Voelz, 15.07.2015 писал(а):
Мутация в подавителя-опухоли белка p53 является общей чертой большинства видов рака. Белок MDM2, чья работа заключается в подавлении p53 через их прямое взаимодействие - поэтому это стало основной целью для терапии рака.
Обычно, небольшая винтовая область p53 связывает место рецептора MDM2, но если молекула с подобной формой может связать место рецептора MDM2 достаточно сильно это может предотвратить от связывания р53, что делает р53 более доступным для подавления опухоли.
Много различных видов молекулярных имитаторов спирали p53 были разработаны, чтобы разрушить p53-MDM2 взаимодействие, включая сшитые пептиды, циклические шпильки пептиды, бета-пептиды, пептоиды(N-замещенные олигоглицины), олигоариламиды, спиролегомеры. Эти молекулы намного больше, чем типичные мало-молекулярные лекарства и имеют интересные свойства сворачивания, которые необходимо преодолеть для достижения жесткой привязки. Сшитые пептиды, к примеру, имеют функцию углеводородной "скобы", которая помогает укрепить спиральное расположение в растворе, что в свою очередь увеличивает сродство.
С помощью молекулярного моделирования Folding@home мы изучили спаренное сворачивание и привязки спирали p53 к MDM2 чтобы обратиться к нескольким ключевым вопросам. Одна задача - понять роль конформационной динамики в формировании связанного механизма - такая информация в конечном счете может помочь проектировать лучше-связанные молекулярные имитаторы.
Еще один вопрос это можно или нельзя использовать моделирование молекулярной динамики для обнаружения компетентно-связанных структур рецепторов MDM2 в отсутствие связанной кристаллической структуры. В новой работе из нашей лаборатории ("Proteins 2015" авторы:"Pantelopulos" и другие) мы показываем, что моделирования без лигандов MDM2, начиная со структур расщепления с закрытой привязкой можно попробовать способы расщепления с открытой привязкой. Мы также протестировали производительность нескольких недавних моделей силового поля в предсказании экспериментальных измерений NMR. Мы обнаружили, что все силовые поля выполняются так же хорошо, но большее время моделирования (выход за микросекунды) лучше согласуется с экспериментом.
Вы можете прочитать о нашей работе в последнем выпуске Proteins:
Микросекунды моделирования MDM2 и его комплекса с p53 приводят к пониманию точности силового поля и конформационной динамики
George A. Pantelopulos и Vincent а. Voelz.
Proteins: Structure, Function and Bioinformatics, Accepted (2015)
Переклад взято і підредаговано з форуму TSC Russia
____________________________________
SergeyR
Не знаю почему мое ответ на твое письмо завис в Исходящих.
Для вставки картинки жмешь (Предпросмотр) - внизу страницы. Далее теория: есть файлы какие нужно вставить и есть ссылки на эти файлы, какие вставляются в текст: в нужное место ссылка на нужный файл. Сами файлы добавляются кнопкой внизу слева (Выберите файл) и потом (Добавить файл). После этого внизу появляэется список
Опубликованные вложения с кнопкой (Удалить файл) возле каждого, а под полем для текста, под смайликами, появится пункт
Вложения с выпадающим списком имен файлов и кнопкой (Вставить в текст сообщения) - вибираеш нужный файл, нажимаеш, и нужный код вставляется в текст - можешь перетащить его в нужное место.
Добавлено через 15 минут 35 секунд:
______________________
Хто розбирався?
а) швидкість обрахунку на відеокарті може впиратисяся в проц, точніше в швидкість одного ядра, особливо якщо воно мало ефективне, таке як в АМД
б) наскільки зменшується TPF при закріпленні процесу FAHcore_**.exe за одним фізичним ядром? Тоді ядро менше відволікається на інші задачі а процес менше переривається. Також система може підняти частоту цього ядра через Turboboost і трохи прискорити обробку даних для відяхи.
в) Наскільки шкодять енергозберігаючі технології проца?
г) чи зменшується частота відяхи при неактивному робочому місці?
д) хто знає - наскільки швидкість порта PCIe впливає на розрахунок, особливо для потужних карт?
поймал таки вкусную жабку 882610 ппд скрин снял
